El 21 de junio de 2007, es presentado como nuevo entrenador del F. C. Barcelona B, equipo filial del F. C. Barcelona, camiseta de estado unidos lo que marca el inicio de una nueva etapa en su vida. Además, el equipo bávaro se reforzó con algunos jugadores de gran talento, como Mario Götze procedente del Borussia Dortmund, y Thiago Alcántara del FC Barcelona, este último a petición expresa de Pep. Divertidas frases combinadas con el nombre islandés como regalo de cumpleaños, fiesta o para ir al campo.
