En las semifinales se enfrentó al Atlético Indio, camiseta ajax al cual venció por un marcador de 1-0. Luego en la final se enfrentó al Real España en el Estadio Francisco Morazán y a quienes derrotó por un marcador de 2-1 en penales. En el primer partido las «Águilas Azules» ganaron por 1-0 con gol de Salvador «Pólvora» Bernárdez. En la Copa de Honduras de 1968, Motagua compartió grupo con Atlético Indio, Atlético Español, Olimpia y Victoria; Motagua pasó a las semifinales.
